وی نخستین رئیس مجلس شورای اسلامی و چهارمین رئیس جمهور ایران در دو دوره پیاپی بین سالهای ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶ بوده و به عنوان یکی از پرنفوذترین شخصیتهای سیاسی جمهوری اسلامی شناخته میشود. او در همه ادوار مجلس خبرگان رهبری نماینده بوده و از ۱۳۸۶ تا ۱۳۹۰، دومین رئیس این مجلس بود.
هاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۸۴ در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کرد که در دور دوم از محمود احمدینژاد شکست خورد. در جریان انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ هاشمی و خانواده او به وضوح از میرحسین موسوی، کاندیدای اصلاحطلبان حمایت کردند و خود او نیز در آخرین نمازجمعهای که در تهران اقامه کرد و پس از آن در محافل خصوصی از سرکوب معترضان به نتایج این انتخابات انتقاد نمود. این انتقادات باعث شد که از سوی مراجع حکومتی به همسویی با فتنهگران متهم شده و به تدریج جایگاه امامت نمازجمعه، ریاست مجلس خبرگان و اثرگذاری بر دانشگاه آزاد اسلامی را از دست داده و فرزندانش نیز پستهای خود را از دست بدهند.
رفسنجانی در سال ۱۳۹۲ برای چهارمین بار در انتخابات ریاست جمهوری نامزد شد که صلاحیت وی از سوی شورای نگهبان احراز نشد. با پیروزی حسن روحانی در انتخابات، با توجه به رابطه نزدیک او با هاشمی رفسنجانی و حمایت هاشمی از وی در جریان انتخابات، خانواده هاشمی رفسنجانی به تدریج وجهه سیاسی خود را بازیافتند و به سرعت رئیس دانشگاه آزاد اسلامی تغییر کرد.